O Programa de Pós-Graduação em Alimentos, Nutrição e Saúde foi criado em novembro de 2004, após a aprovação pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal do Ensino Superior – CAPES/MEC, tendo iniciado suas atividades acadêmicas em março de 2005. O corpo docente inicial do programa foi conformado por 10 professores, destes 70% pertenciam ao quadro da ENUFBA. Atualmente, o programa conta 15 professores do quadro permanente e 8 colaboradores. A primeira turma ingressou em março de 2005, com 11 alunos. No ano de 2010, o número de alunos totalizou 42, considerando os ingressos em 2009 e 2010. Desde sua criação o programa já titulou 43 mestres.
Tendo em vista a mudança do perfil nutricional da população brasileira e a importância do debate em torno da promoção da segurança alimentar e nutricional no mundo e no país, o Mestrado em Alimentos, Nutrição e Saúde foi criado com uma única área de concentração, segurança alimentar e nutricional. Em virtude do seu caráter multifacetado, abrangência e dinamicidade, considerou-se que a referida área de concentração seria capaz de abrigar as diferentes linhas de pesquisa sem riscos para a perda da identidade e da coerência do programa. Atualmente conta com 04 linhas de pesquisa consolidadas, a saber: Epidemiologia dos distúrbios nutricionais; Vigilância de alimentos e saúde; Avaliação de políticas e programas em saúde, alimentação e nutrição e Alimentação, Nutrição e Cultura e com a Linha Bases Experimentais e Clínicas da Nutrição, considerada emergente, que se encontra em momento de agregação de pesquisadores e de consolidação de sua produção.